Synchroniser Doctolib avec sa comptabilité (2026)

C’est le paradoxe du médecin moderne.

D’un côté, vous avez Doctolib, l’outil génial qui gère votre agenda et vos téléconsultations. De l’autre, votre logiciel de comptabilité.

Et au milieu ? Un trou noir.

Les virements arrivent sur votre compte bancaire par « paquets » (virements hebdomadaires ou mensuels Stripe/Doctolib), souvent amputés des commissions de la plateforme. Résultat : au moment de faire votre comptabilité, c’est la panique. « À quoi correspond ce virement de 432,50€ ? »

La question qui brûle les lèvres de tous les praticiens est donc : Peut-on connecter Doctolib directement à son comptable pour que tout se fasse tout seul ?

La réponse est oui, mais pas comme vous l’imaginez. Voici comment Indy a résolu ce problème.

Le Mythe de la « Connexion Directe »

Il faut d’abord casser une idée reçue. À ce jour, aucun logiciel comptable ne se « branche » à l’intérieur de votre agenda Doctolib pour aller lire le nom des patients pour des raisons de Secret Médical et de RGPD.

Votre logiciel comptable ne sait pas que Mme Michu est venue mardi à 14h. Et heureusement.

Ce que le logiciel doit synchroniser, ce sont les flux financiers.

Le problème des Téléconsultations et Tiers Payant

La difficulté vient des intermédiaires.

• Cas 1 (Le cabinet) : Le patient vous paie par carte ou chèque. C’est facile, ça apparaît sur la banque.
• Cas 2 (La Téléconsultation) : Le patient paie Doctolib (via Stripe). Doctolib garde une commission. Doctolib vous vire le reste 3 jours plus tard.

Comptablement, c’est un enfer si vous le faites à la main. Vous devez déclarer le Chiffre d’Affaires Brut (avant commission) et passer la commission en Frais. Si vous ne déclarez que le virement net reçu en banque, vous êtes en faute vis-à-vis du fisc.

La Solution Indy : L’automatisation intelligente

Plutôt que d’essayer de bricoler des fichiers Excel, Indy utilise la Synchronisation Bancaire Intelligente.

1. La détection des Virements Doctolib

Dès qu’un virement libellé « Stripe Technology » ou « Doctolib » arrive sur votre compte pro, Indy le repère. Grâce à son intelligence artificielle, il sait que c’est une Rétrocession d’honoraires ou une recette de Téléconsultation.

2. La gestion des commissions (Le vrai « Hack »)

C’est là qu’Indy est fort. Vous pouvez créer une règle d’automatisation.

Vous dites au logiciel : « Sur chaque virement Doctolib, considère que X% sont des frais » ou vous pouvez « ventiler » l’opération en deux clics : une ligne pour le revenu, une ligne pour la charge déductible.

Résultat ? Votre BNC est juste, vos charges sont optimisées, et vous n’avez rien saisi à la main.

3. Et pour le Tiers Payant ?

Doctolib Médecin aide à suivre le Tiers Payant, mais c’est la banque qui fait foi. Indy se connecte aussi pour identifier les virements de la CPAM ou des mutuelles.

Il regroupe ces petits virements sous la catégorie « Honoraires Tiers Payant ». En fin d’année, votre Relevé SNIR correspondra enfin à votre comptabilité.

Faut-il choisir Indy quand on a Doctolib ?

Si vous cherchez une synchronisation « magique » où chaque patient Doctolib crée une ligne comptable automatiquement, ça n’existe pas (et ce serait illisible).

En revanche, Indy est aujourd’hui la solution la plus fluide pour gérer les flux financiers issus de Doctolib sans y passer ses week-ends.

Pour les médecins qui ont un gros volume de téléconsultations, le gain de temps est estimé à environ 4 heures par mois par rapport à une saisie classique.